เมื่อวัชพืชเป็นศัตรูพืชปลูก จำเป็นต้องมีการกำจัด เพื่อให้ปริมาณวัชพืชลดลงหรือหมดไป และเพื่อให้การกำจัดหรือควบคุมนั้นมีประสิทธิภาพ จึงจำเป็นอย่างยิ่งที่จะต้องรู้จักและทราบลักษณะทางพฤกษศาสตร์หรือวงชีพของวัชพืชนั้น ๆ เสียก่อน เช่น วัชพืชที่มีหัวและไม่มีหัวต้องเลือกใช้วิธีกำจัดหรือใช้ยาต่างกัน พืชใบแคบซึ่งส่วนใหญ่ หมายถึง หญ้า และกก นอกนั้นเป็นพืชใบกว้าง วัชพืชมีการสนองตอบต่อยากำจัดวัชพืชต่างกันด้วย เช่น สารเคมีพวกกรดซัลฟิวริก (sulphuric acid) จะกำจัดพืชใบกว้างชนิดที่เป็นไม้ล้มลุกอายุสั้นได้ ทั้งนี้เพราะว่าตาหรือยอดอ่อนไม่มีใบหุ้ม สารเคมีจะถูกตา ทำให้ตาหรือยอดอ่อนเสียไป ไม่เจริญเติบโต ส่วนพวกหญ้าและกก ซึ่งเป็นพืชใบแคบ ยอดอ่อนหรือตาถูกหุ้มด้วยกาบใบหลายชั้น สารเคมีเข้าถึงตาหรือยอดอ่อนได้ยาก หรือ ไม่ได้ จึงทำให้การกำจัดวัชพืชเหล่านี้ไม่ได้ผลดี นอกจากนี้แล้ว ยังต้องพิจารณาถึงสภาพแวดล้อม และขนาดเนื้อที่ที่ทำการเพาะปลูกด้วย การกำจัดวัชพืชมีหลายวิธีดังนี้
วิธีการนี้ได้จากประสบการณ์จากธรรมชาติ กล่าวคือ ต้นไม้ถูกรบกวนทำลายโดยศัตรูธรรมชาติ ได้แก่ พืช สัตว์ แมลง และเชื้อโรค แต่มิใช่เป็นวิธีการที่สามารถกำจัดวัชพืชให้หมดสิ้นไป เพียงลดปริมาณลงเท่านั้น การกำจัดวัชพืชโดยสิ่งมีชีวิตจะได้ผลดี สำหรับวัชพืชชนิดเดียวที่ขึ้นหนาแน่นในพื้นที่มาก ๆ เช่น ในออสเตรเลียใช้แมลงกำจัดกระบองเพชร แมลงที่ปล่อยให้กัดกินต้นกระบองเพชร นำมาจากประเทศอาร์เจนตินา โดยเลี้ยงขยายพันธุ์ให้ได้จำนวนมาก แล้วจึงปล่อยในทุ่งกระบองเพชร แต่การจะนำแมลง หรือศัตรูชนิดใดเข้าประเทศเพื่อกำจัดวัชพืช ต้องคำนึงว่าศัตรูนั้น จะไม่ทำลายพืชเศรษฐกิจหรือพืชปลูก อเมริกาใช้สัตว์น้ำชนิดหนึ่ง เรียกว่า มานาที กำจัดผักตบชวาและวัชพืชน้ำอื่นๆ สัตว์ชนิดนี้กินพืชเป็นอาหาร และเลี้ยงปลาที่กินพืชเป็นอาหาร ในบ่อที่มีวัชพืชน้ำขึ้นหนาแน่น
ประเทศญี่ปุ่นได้มีการศึกษาค้นคว้าใช้กั้งน้ำจืด (tadpole shrimps) กำจัดวัชพืชในนาข้าว กั้งน้ำจืดจะใช้เท้ากวาดให้เมล็ดวัชพืชที่กำลังงอกลอยน้ำ รากไม่สามารถหยั่งดิน จึงไม่เจริญเติบโต ปัจจุบันอเมริกาเลี้ยงเชื้อราชนิดหนึ่งเป็นการค้า ราชนิดนี้สามารถกำจัดวัชพืชจำพวกโสนคางคก โดยรานี้ทำให้วัชพืช ดังกล่าวเป็นโรค ในฮาวายใช้ราที่ทำให้เกิดโรคใบเหี่ยวกำจัดวัชพืชจำพวกชุมเห็ดหรือขี้เหล็ก การปล่อยวัวควายกินหญ้าในสวนมะพร้าวหรือสวนยาง ก็เป็นการกำจัดวัชพืชโดยสิ่งมีชีวิตวิธีหนึ่ง
การกำจัดวัชพืชโดยสิ่งมีชีวิต มิได้หมายถึง การใช้สัตว์ แมลง หรือเชื้อโรคเท่านั้น ยังรวมไปถึงพืชด้วย โดยเลือกปลูกพืชที่เติบโตเร็วกว่าวัชพืช หรือที่เรียกว่า พืชคลุมดิน นิยมใช้พืชตระกูลถั่ว ซึ่งมีใบใหญ่เจริญเติบโตเร็ว และเป็นไม้เลื้อยเนื้ออ่อน เช่น เซนโทรซีมา (centrosema pubescens) หรือปลูกพืชเศรษฐกิจสลับชนิดกัน เช่น ปลูกข้าวสลับกับการปลูกถั่ว การกระทำดังกล่าวจะช่วยลดปริมาณ และทำให้การกำจัดวัชพืชสะดวกได้ผลดีขึ้น
