เป็นวัดซึ่งพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวโปรดเกล้าฯ ให้สร้างขึ้นแทนวัดเก่าซึ่งเป็น วัดร้างเรียกกันว่า วัดแหลม และวัดไทรทองโปรดให้สมเด็จฯ เจ้าฟ้ากรมพระยานริศรานุวัดติวงศ์ทรงเป็นนายช่างออกแบบพระอุโบสถนี้สร้างด้วยหินอ่อนงดงามมาก ชั้นต้นมีพระราชดำริจะอัญเชิญพระพุทธชินราชจากวัดพระศรีรัตนมหาธาตุราชวรมหาวิหารจังหวัดพิษณุโลก มาประดิษฐานเป็นพระประธานในพระอุโบสถ แต่ประชาชนชาวพิษณุโลกแสดงความหวงแหน กราบบังคมทูลยับยั้ง จึงโปรดเกล้าฯ ให้ช่างกรุงเทพฯ ขึ้นไปจำลองหล่อพระพุทธชินราชองค์ใหม่มาประดิษฐานเป็นพระประธานในพระอุโบสถวัดเบญจมบพิตรฯ สืบต่อมาจนทุกวันนี้
