การเพาะกล้า งานอันดับแรกของการทำไร่ยาสูบ คือ การเพาะกล้ายาสูบ ต้นยาสูบในไร่จะเจริญเติบโตดี ต้องมาจากต้นกล้าที่สมบูรณ์ แข็งแรงเมื่อนำไปปลูกแล้วต้นกล้าตายน้อยที่สุด หรือไม่ตายเลย ถ้าต้นกล้าตายหลังจากปลูก ๗-๑๐ วัน ควรจะมีการปลูกซ่อมกล้า และไม่ควรจะปลูก ซ่อมบ่อยๆ เพราะการซ่อมกล้าเพียงร้อยละ ๑๐ จะทำให้คุณภาพลดลงได้ถึงร้อยละ ๕ ทั้งนี้ เนื่องจากการเก็บใบยาสูบไปบ่ม ผู้เก็บมักจะเก็บทุกต้นเหมือนกันหมด ทำให้มีใบยาที่ไม่สุกติดเข้าไปบ่มด้วย ทำให้คุณภาพใบยาลดลง
การที่จะผลิตต้นกล้าให้มีความสมบูรณ์และแข็งแรง จะต้องมีการเตรียมและทำแปลงเพาะกล้าที่ดีมาก่อน นับตั้งแต่การเลือกที่ดิน ควรเป็นดินที่อุดมสมบูรณ์ มีการระบายน้ำดี ถ้าเป็นดินบุกเบิกใหม่ยิ่งดี หลังจากเตรียมดินยกเป็นแปลง (กว้าง ๑เมตร ยาว ๑๑ เมตร) แล้วคลุมด้วยผ้าพลาสติกและรมด้วยก๊าซเมทิลโบรไมด์ นานประมาณ ๒๔-๔๘ ชั่วโมง เพื่อกำจัดโรคแมลง และวัชพืช ในดิน เมื่อเปิดผ้าพลาสติกออกแล้ว ผึ่งดินทิ้งไว้ ๑๒-๒๔ ชั่วโมง ใส่ปุ๋ยรองพื้นสูตร ๔-๑๖-๒๔ ในอัตรา ๒-๔ กิโลกรัมต่อแปลง และใส่ยาฟูราดาน ๓ จี เพื่อป้องกันโรคใบหดในอัตรา ๒๕๐-๓๐๐ กรัมต่อแปลง แล้วกลับปุ๋ยและยาให้อยู่ลึกจากผิวดินประมาณ ๑-๒ นิ้ว เพื่อป้องกันไม่ให้เมล็ดยาสูบที่หว่านได้รับอันตรายจากปุ๋ยและยา
การหว่านเมล็ด เนื่องจากเป็นเมล็ดที่มีขนาดเล็กมาก (เมล็ดยาสูบ ๑ กรัม มีจำนวนประมาณ ๑๐,๐๐๐-๑๒,๐๐๐ เมล็ด) จึงควรนำเมล็ดผสมขี้เถ้าในการหว่าน เพื่อให้กระจายทั่วแปลงหรือใส่เมล็ดลงในบัวรดน้ำ คนเมล็ดให้กระจายเข้ากับน้ำจนทั่วแล้วรดให้ทั่วแปลง โดยใช้เมล็ดแปลงละ ๑.๐-๑.๕ กรัม รดน้ำให้ชุ่มแล้วคลุมแปลงเพาะด้วยผ้าดิบเพื่อป้องกันแสงแดดในเวลากลางวัน และลดแรงกระแทกของน้ำฝนในฤดูฝน ถ้าเป็นฤดูแล้งอาจใช้แกลบคลุมได้
การรดน้ำ รดน้ำวันละ ๔ ครั้งจนกว่าเมล็ดจะงอก จึงค่อยๆ ลดลงเหลือวันละ ๒-๓ ครั้งการพ่นยาป้องกันโรคและแมลงจะต้องทำทุกสัปดาห์ หลังจากเมล็ดงอกแล้ว โรคที่สำคัญในแปลงเพาะได้แก่ โรคโคนเน่า และโรคแอนแทรกโนส สำหรับแมลงได้แก่ หนอน และแมลงหวี่ขาว
เมื่อกล้ายาสูบมีอายุ ๓๕-๔๕ วัน จึงถอนย้ายไปปลูกในไร่
