การผ่าตัดเปลี่ยนปอด มีสองชนิด คือการผ่าตัดเปลี่ยนปอดข้างเดียว หรือสองข้างกระทำในผู้ป่วยโรคปอดพิการที่มีความรุนแรงจนไม่สามารถให้การรักษาด้วยยา หรือ โดยการผ่าตัดอื่นใดได้ ได้แก่ โรคถุงลมโป่งพองระยะสุดท้าย โรคความดันโลหิตสูงในปอดโดยไม่ทราบสาเหตุระยะสุดท้าย
การผ่าตัดเปลี่ยนปอดข้างเดียว กระทำได้โดยไม่ต้องใช้เครื่องหัวใจและปอดเทียมช่วย มีการตัดเอาปอดข้างที่พิการออก แล้วนำปอดจากผู้ที่เสียชีวิตใหม่ๆ ที่มีหมู่เลือดเดียวกันใส่เข้าไปแทน อุปสรรคสำคัญคือ รอยต่อระหว่างหลอดลมของผู้ป่วยกับปอดใหม่มักหายยาก มีโอกาสรั่วบ่อย ข้อดีคือ ผู้บริจาคสามารถให้ปอดแต่ละข้างกับผู้ป่วยได้ถึง ๒ คน นอกจากนั้นยังสามารถบริจาคหัวใจให้กับผู้ป่วยหัวใจพิการได้อีก ๑ คนด้วย การผ่าตัดเปลี่ยนปอดข้างเดียวเลือกทำให้เฉพาะผู้ป่วยโรคปอดเป็นพังผืด แต่ถ้าเป็นโรคถุงลมโป่งพองระยะสุดท้าย หรือหลอดลมโป่งพองระยะสุดท้าย มักต้องเปลี่ยนปอดทั้ง ๒ ข้าง
การผ่าตัดเปลี่ยนปอดสองข้าง ต้องใช้เครื่องหัวใจและปอดเทียมช่วยระหว่างผ่าตัด วิธีการผ่าตัดยากกว่าการเปลี่ยนทั้งปอดและหัวใจพร้อมกัน และผลระยะยาวก็สู้การเปลี่ยนทั้งปอดและหัวใจพร้อมกันไม่ได้ แต่ข้อดีก็คือ สามารถแยกใช้ปอดและหัวใจในผู้ป่วย ๒ คน เป็นการช่วยลดปัญหาขาดแคลนอวัยวะบริจาค การเลือกผู้ป่วยในการผ่าตัดเปลี่ยนปอดจะใช้ผู้ป่วยที่มีหมู่เลือดเดียวกัน และมีขนาดปอดใกล้เคียงกัน
ผู้ป่วยหัวใจพิการแต่กำเนิดที่เป็นนาน จนมีแรงดันเลือดในปอดเพิ่มสูงมากเกินระยะที่จะซ่อมแซมความพิการได้ หรือแม้แต่จะเปลี่ยนหัวใจอย่างเดียวก็ไม่ได้ เพราะมีแรงดันเลือดในปอดสูงมากแล้ว ต้องรักษาโดยการผ่าตัดเปลี่ยนหัวใจและปอดพร้อมกัน ผู้ป่วยกลุ่มนี้มีผู้ทำการผ่าตัดรักษาโดยซ่อมแซมความพิการที่หัวใจร่วมกับการเปลี่ยนปอด แต่ก็ปรากฏว่าได้ผลดีไม่เท่าการผ่าตัดเปลี่ยนทั้งหัวใจและปอดพร้อมกัน
