ตั้งแต่ได้รับเชื้อจะทำให้เกิดภาวะติดเชื้อแต่กว่าจะดำเนินจากภาวะติดเชื้อที่ไม่มีอาการจนกลายเป็นโรคเอดส์เต็มขั้นนั้นจะกินเวลาหลายปี ดังนั้นระยะฟักตัวจึงจะแบ่งออกไปเป็น ๒ ตอน คือ ระยะฟักตัวของการติดเชื้อเฉียบพลัน และระยะฟักตัวของภาวะภูมิคุ้มกันเสื่อม หรือโรคเอดส์เต็มขั้น คือการติดเชื้อจุลชีพฉวยโอกาสและเป็นมะเร็งแคโปสิ ซาร์โคมา หรือภาวะอื่นๆ นั่นเอง
๑. ระยะฟักตัวของการติดเชื้อเฉียบพลัน คือ ตั้งแต่ได้รับเชื้อจนมีภาวะติดเชื้อเฉียบพลันซึ่งจะมีองค์ประกอบของไวรัสหรือแอนติเจนปรากฏและต่อมาก็จะมีแอนติบอดีในกระแสเลือด
หลังจากได้รับเชื้อไวรัสเอชไอวี จะเกิดการติดเชื้อ ซึ่งจะมีระยะฟักตัวประมาณสองสัปดาห์อาจยาวนานเป็นเดือนก็ได้ จึงจะแสดงอาการของภาวะติดเชื้อเฉียบพลัน
อาการของการติดเชื้อเฉียบพลัน ผู้ที่ได้รับเชื้อเข้าไปในระยะเวลาผ่านไป ๒-๓ สัปดาห์ ก็จะติดเชื้อโดยอาจจะไม่มีอาการแสดงใดๆ เลยก็ได้ บางรายประมาณร้อยละ ๔๐ จะมีอาการคล้ายๆ จะเป็นไข้ชนิดหนึ่งที่เรียกว่า อินเฟคเชียส โมโนนิวคลิโอซิส (Infectious mononucleosis-like) คือจะมีไข้ต่ำๆ เรื้อรังติดต่อกันหลายวัน และมีต่อมน้ำเหลืองโตตามบริเวณคอ ซอกคอ และที่ซอกรักแร้บางคนมีอาการน้อยจนแทบไม่ได้สังเกตเห็น และอาการแสดงต่างๆ ดังกล่าวนี้จะหายไปได้เองโดยไม่ต้องได้รับการรักษา ผู้ที่ติดเชื้อในประเทศไทยมักไม่มีอาการดังกล่าวนี้
การตรวจทางห้องปฏิบัติการ ในระยะติดเชื้อเฉียบพลันนี้ ในระยะสัปดาห์แรกจะพบระดับ เม็ดเลือดขาวต่ำ (lymphopenia) และเกล็ดเลือดต่ำ (thrombocytopenia) เมื่อเข้าสู่สัปดาห์ที่ ๒ ระดับเม็ดเลือดขาวจะเพิ่มขึ้นเพราะระดับ CD8+ cells เพิ่มขึ้น โดย CD4+ cells จะยังมีจำนวนลดลง ดังนั้นจึงทำให้อัตราส่วนของเซลล์ CD4+ ต่อ CD8+ จะมีค่าต่ำกว่า ๑ เมื่อเวลาผ่านมาหลายเดือนหลังติดเชื้อไวรัสเอชไอวี ระดับ CD8+ cells จะคืนกลับสู่ปกติ แต่อย่างไรก็ตามก็ยังมีจำนวนมากกว่า CD4+ cells
นอกจากนี้ยังตรวจพบไวรัสเอชไอวีในระดับสูงในเลือด ซึ่งจะอยู่เป็นสัปดาห์ หลังจากนั้นจะลดระดับลงเนื่องจากภูมิคุ้มกันที่ร่างกายสร้างขึ้นซึ่งระดับแอนติบอดีจะสามารถตรวจพบได้หลังจากติดเชื้อไวรัสเอชไอวีแล้ว ๑-๔ สัปดาห์
ผ่านจากระยะการติดเชื้อเฉียบพลัน ก็จะเข้าสู่ระยะแฝงหรือ "เชื้อหลบใน" (Latency) ระยะนี้ผู้ป่วยจะไม่มีอาการอะไรเลย ปกติสมบูรณ์ดี แต่ยังสามารถแพร่เชื้อได้ตลอดเวลาโดยวิธีการต่างๆ ที่กล่าวไว้แล้ว
๒. ระยะฟักตัวของภาวะภูมิคุ้มกันเสื่อม คือ ระยะฟักตัวตั้งแต่ได้รับเชื้อจนเป็นโรคเอดส์เต็มขั้น ดังได้กล่าวไว้แล้วว่าการติดเชื้อไวรัสเอชไอวีอาจจะตรวจพบแอนติ-เอชไอวี โดยที่บุคคลนั้นจะยังไม่ได้เป็นเอดส์เต็มขั้น แต่เป็นเพียงพาหะ (Healthy carrier) โดยไม่มีอาการใดๆ (Asymptomatic infection) ร้อยละ ๓๐ ของผู้ติดเชื้อจะเป็นโรคเอดส์ภายในเวลา ๕ ปี และอาจถึงร้อยละ ๖๐ ถ้าติดตามไปเป็นระยะเวลา ๖ ปี มีรายงานจากต่างประเทศว่า ประมาณร้อยละ ๑๐จะยังมีสุขภาพดี ยังไม่เป็นเอดส์เต็มขั้น ภาวะที่พบในผู้ป่วยภูมิคุ้มกันเสื่อมจะแบ่งออกเป็นประเภทต่างๆ ดังนี้
๒.๑ การติดเชื้อฉวยโอกาส เชื้อฉวยโอกาสที่ทำให้เกิดการติดเชื้อในผู้ใหญ่ที่มีภูมิคุ้มกันเสื่อม นั้นได้แก่ ไวรัส แบคทีเรีย เชื้อราและปรสิตต่างๆ ซึ่งได้แสดงไว้ในตารางที่ ๑
อุบัติการพบการติดเชื้อฉวยโอกาสชนิดต่างๆ นี้แตกต่างกันตามเชื้อชาติของผู้ป่วยและ ตามภูมิภาคของโลก เช่น ปอดบวมจากเชื้อนิวโมซิสติส คารินิไอ (Pneumocystis carinii) จะพบบ่อยที่สุดในสหรัฐอเมริกา (กว่าร้อยละ ๕๐ของผู้ป่วยที่ได้รับการวินิจฉัยใหม่ๆ) แต่จะพบได้เป็นอันดับที่สามของผู้ป่วยในแอฟริกา แม้ว่าจะเป็นชาวแอฟริกันที่พำนักอยู่ในยุโรปก็จะพบน้อยเช่นกัน ผู้ป่วยชาวไฮตี ก็พบน้อยกว่าผู้ป่วยชาวอเมริกัน วัณโรค เป็นกลุ่มเชื้อฉวยโอกาสที่พบมากที่สุดของผู้ป่วยโรคเอดส์ในไทยโรคติดเชื้อราเพนนิซิเลียม มาเนฟฟีไอ จะพบบ่อย ในผู้ป่วยที่พำนักอยู่ในภาคเหนือตอนบนของประเทศไทย พบน้อยในภูมิภาคอื่น เป็นต้น
๒.๒ มะเร็งแคโปสิ ซาร์โคมา มะเร็งแคโปสิ จะพบบ่อยในผู้ป่วยที่เป็นพวกรักร่วมเพศ ในรายงานตอนแรกๆ ผู้ป่วยกลุ่มอาการภูมิคุ้มกันเสื่อมในสหรัฐอเมริกา ร้อยละ ๓๖-๕๐ จะเป็นมะเร็งแคโปสิ อาจจะเป็นเดี่ยวๆ หรือเป็นร่วมกับการติดเชื้อฉวยโอกาสชนิดใดชนิดหนึ่ง
ผู้ป่วยกลุ่มรักต่างเพศ จะพบมะเร็งแคโปสิน้อยกว่า อาทิเช่น
ผู้ป่วยโรคเอดส์ที่เกี่ยวข้องกับการฉีดยาเสพติดเข้าหลอดเลือดดำจะเป็นมะเร็งแคโปสิ เพียงร้อยละ ๓-๔
ผู้ป่วยโรคฮีโมฟีเลีย หรือได้รับการถ่ายเลือดจากผู้ที่เป็นโรคเอดส์จะพบมะเร็งแคโปสิ ต่ำกว่าร้อยละ ๒ ในประเทศไทยพบมะเร็งชนิดนี้น้อยมาก
๒.๓ มะเร็งอื่นๆ Non-Hodgkin's Lymphoma เป็นมะเร็งของต่อมน้ำเหลืองลิมโฟมาชนิดร้ายแรงกระจัดกระจายและแยกชนิดเซลล์ไม่ได้ (Undifferentiated)มักเกิดที่สมอง เกิดจากเซลล์ B lymphocyteมักไม่สนองตอบต่อสารเคมีบำบัด การติดเชื้อฉวยโอกาสแทรกซ้อนสูง อัตราตายสูง อาจพบในปาก ทวารหนัก ผิวหนังและในโพรงไซนัสและไขกระดูกก็ได้ นอกจากนั้นอาจพบมะเร็งของอัณฑะมะเร็งความัสเซลล์ มะเร็งเมลาโนมาชนิดร้าย
๒.๔ โรคทางระบบประสาท อาจเกิดได้จากทั้งตัวเอชไอวีเองและจากการติดเชื้อฉวยโอกาส โดยที่ถ้าเป็นจากเอชไอวี มักจะเป็นช่วงระยะท้ายของภาวะภูมิคุ้มกันเสื่อม ถ้ามีอาการชักมักจะเกิดจากสมองอักเสบจากเชื้อ Toxoplasma gondii หรือมะเร็งลิมโฟมาในสมอง
๒.๕ เอดส์ ดีเมนเซีย คอมเพล็กซ์ (AIDS dementia complex) หรือ HIV associated dementia (HAD) มีอาการเสื่อมของการรับรู้โดยทั่วไปขาดความสนใจ ขี้ลืม เชื่องช้า เสียการทรงตัวงุ่มง่าม ขาไม่มีแรง และซึม ไม่ตอบโต้ แยกตัวจากสังคม พูดช้าหรือพูดไม่ค่อยได้ ฯลฯ การตรวจทางห้องปฏิบัติการพบน้ำไขสันหลังมีโปรตีนสูง เพราะเชื้อไวรัสได้ผลบวก พบแอนติบอดีต่อไวรัสเอชไอวีเป็นชนิด ไอจีจี (IgG)
๒.๖ กลุ่มอาการอื่นๆ เกิดจากเอชไอวีไปติดเชื้อตามอวัยวะต่างๆ เช่น หัวใจ ไต ระบบทางเดินอาหารกล้ามเนื้อ ผิวหนัง
