วิวัฒนาการของการสาธารณสุขในประเทศไทยในเชิงประวัติศาสตร์ อาจแบ่งออกได้เป็น ๓ ยุค คือ
ยุคแรก ตั้งแต่ พ.ศ. ๒๐๕๔ - ๒๓๗๐(๓๑๗ ปี) คือ นับตั้งแต่แผ่นดินสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๒ สมัยกรุงศรีอยุธยา จนถึงตอนต้นรัชกาลที่ ๓ สมัยกรุงรัตนโกสินทร์ เพราะก่อนหน้านี้ไม่มีหลักฐานใดๆ เกี่ยวกับการสาธารณสุขปรากฏอยู่
ยุคที่ ๒ ตั้งแต่ พ.ศ. ๒๓๗๑ อันเป็นปีที่ ๕ ในรัชกาลที่ ๓ จนถึง พ.ศ. ๒๔๗๕ ในรัชกาลพระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว ยุคนี้เป็นหัวเลี้ยวหัวต่อระหว่างการแพทย์แผนโบราณและแผนปัจจุบัน
ยุคที่ ๓ ตั้งแต่ พ.ศ. ๒๔๗๕ จนถึงปัจจุบันเป็นยุคที่การแพทย์แผนปัจจุบันเริ่มมีวิวัฒนาการ โดยมีเป้าหมายให้สอดคล้องกับนโยบายและแผนพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ ใน พ.ศ. ๒๓๗๑ อันเป็นปีที่ ๕ ในรัชกาลที่ ๓ กล่าวได้ว่าเป็นปีแรกที่การแพทย์แผนตะวันตกเข้ามามีบทบาทสำคัญต่อการแพทย์การสาธารณสุข โดยดำเนินการควบคู่กันไป กล่าวคือให้การรักษาพยาบาลผู้เจ็บป่วยและทำการป้องกันโรคติดต่อที่ร้ายแรงไปด้วย
นายแพทย์แดน บีช บรัดเลย์ (Dan BeachBradley) ที่ชาวบ้านเรียกกันว่า "หมอปลัดเล" นักเผยแผ่คริสต์ศาสนาชาวอเมริกัน ซึ่งเข้ามาเมืองไทยในปีพ.ศ. ๒๓๗๘ เป็นผู้ที่ริเริ่มการป้องกันโรคติดต่อครั้งแรกในประเทศไทย โดยสั่งหนองฝีป้องกันไข้ทรพิษจากสหรัฐอเมริกามาปลูกให้ลูกของตนเองก่อน เมื่อฝีขึ้น จึงเอาหนองจากแผลนั้นปลูกให้เด็กคนอื่นๆต่อไป ซึ่งปรากฏว่าได้ผลดี จนกระทั่งในปี พ.ศ. ๒๓๘๑ พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงโปรดให้หมอหลวงไปเรียนวิธีปลูกฝีจากหมอบรัดเลย์ เพื่อปลูกให้แก่ข้าราชการและประชาชน
ในระยะแรก พันธุ์หนองฝีต้องสั่งจากต่างประเทศ ภายหลังที่นายแพทย์ อัทย์ หะสิตะเวชกับนายแพทย์แฮนส์ อะดัมสัน (Hans Adamson) ไปศึกษาวิธีทำหนองฝีที่ประเทศฟิลิปปินส์ จึงกลับมาผลิตหนองฝีในประเทศได้ในปี พ.ศ. ๒๔๔๘
ในสมัยรัชกาลที่ ๔ นายแพทย์ซามูเอล เรย์โนลดส์ เฮาส์ (Samuel Reynolds House) นักเผยแพร่ศาสนาชาวอเมริกาได้มีบทบาทช่วยในการควบคุมอหิวาตกโรคและรักษาคนไข้ โดยการใช้ทิงเจอร์การบูรผสมน้ำให้ดื่ม เขารายงานไปยังสหรัฐอเมริกันได้ว่าผลดีมาก
ต่อมาในรัชสมัยพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว มีการประกาศใช้กฎหมายเกี่ยวกับการสุขาภิบาลเป็นครั้งแรกเมื่อปี พ.ศ. ๒๔๑๓ พระราชบัญญัติฉบับนั้นชื่อว่า "พระราชบัญญัติธรรมเนียมคลอง" เพื่อให้มีการรักษาความสะอาดของคลองให้ได้มาตรฐาน เพราะคนสมัยนั้นเริ่มเชื่อกันว่า การใช้น้ำสกปรกเป็นมูลเหตุอย่างหนึ่งที่ทำให้เกิดโรคภัยไข้เจ็บ
การแพทย์ของประเทศไทยในยุคที่ ๒ นี้ อาจเรียกได้ว่าเป็นยุคหัวเลี้ยวหัวต่อ ระหว่างการแพทย์แผนโบราณและแผนปัจจุบัน อาจกล่าวได้ว่าแพทย์แผนปัจจุบันได้วิวัฒนาการโดยเข้าไปแทนที่การแพทย์แผนโบราณทีละเล็กทีละน้อย และประชาชนค่อยๆ เกิดความเชื่อถือศรัทธามากขึ้นเป็นลำดับ แต่ก็เป็นความนิยมที่ยังอยู่ในวงแคบๆ เพราะแพทย์มีจำกัด ยิ่งตามชนบทด้วยแล้ว การแพทย์แผนปัจจุบันยังไม่เป็นที่ล่วงรู้ของประชาชน
การเผยแพร่การแพทย์แผนปัจจุบันออกสู่ต่างจังหวัดครั้งแรก กระทำโดยสำนักงานเผยแผ่ศาสนาของอเมริกันคณะเพรสไบทีเรียน ซึ่งออกไปตั้งสาขาที่จังหวัดเพชรบุรีในปี พ.ศ. ๒๔๐๔ โดยมีศาสนาจารย์เอส. จี. แมคฟาร์แลนด์ (S.G. McFarland) และศาสนาจารย์ดาเนียลแมคกิลวารี (Daniel McGilvary) ออกไปปฏิบัติงานแมคฟาร์แลนด์ผู้นี้เป็นบิดาของพระอาจวิทยาคมหรือนายแพทย์ยอร์ช แมคฟาร์แลนด์ ผู้เป็นอาจารย์ของแพทย์ไทยหลายรุ่น กล่าวกันว่าเมื่อพระอาจวิทยาคมยังเยาว์วัยอยู่ได้เคยช่วยบิดาห่อยาควินินแจกชาวบ้านที่จังหวัดเพชรบุรี
พ.ศ. ๒๔๑๐ การแพทย์แผนปัจจุบันได้ขยายไปถึงจังหวัดเชียงใหม่ โดยศาสนาจารย์แมคกิลวารี ผู้เป็นลูกเขยของนายแพทย์บรัดเลย์นำไปเผยแพร่ และช่วยในการบำบัดโรคไข้จับสั่นและป้องกันโรคไข้ทรพิษอย่างเข้มแข็ง โดยใช้ยาควินินและหนองฝีที่ได้รับจากนายแพทย์บรัดเลย์ ส่วนผู้ที่มีชื่อเสียงโด่งดัง คือนายแพทย์แมคเคน (James W. Mckean) งานสำคัญของท่านคือการจัดตั้งสถานควบคุมโรคเรื้อนแห่งแรกในประเทศไทยนอกจากนี้ในการควบคุมไข้จับสั่น นายแพทย์แมคเคนเป็นผู้นำเครื่องจักรทำยาเม็ดเข้ามาผลิตยาควินินเม็ดเพื่อแจกจ่ายให้แก่ราษฎร กับยังเป็นผู้ตั้งสถานผลิตภัณฑ์หนองฝีขึ้นในจังหวัดเชียงใหม่อีกด้วย
อาจกล่าวได้ว่า วิวัฒนาการของการแพทย์แผนปัจจุบันซึ่งดำเนินการโดยคณะเผยแผ่คริสต์ศาสนานิกายโปรเตสแตนต์ตั้งแต่ พ.ศ. ๒๓๗๑-๒๔๒๔ เป็นเวลาประมาณ ๔๐ ปีนั้น แม้ว่าจะส่งผลไปถึงประชาชนในชนบทหรือในส่วนภูมิภาคได้ไม่มากนัก แต่ก็อาจกล่าวได้ว่าคณะเผยแผ่ศาสนาคริสต์นี้ มีอิทธิพลก่อให้เกิดระบบงานสาธารณสุขในประเทศไทยในยุคต่อมา
การดำเนินงานสาธารณสุขโดยทางราชการ
การดำเนินงานสาธารณสุขโดยทางราชการนั้นจากจดหมายเหตุต่างๆ ทั้งที่เป็นของทางราชการและของบุคคลนอกวงราชการ ปรากฏว่าเริ่มเป็นรูปเป็นร่างในรัชสมัยของสมเด็จพระปิยมหาราช โดยเริ่มด้วยการจัดตั้ง "คอมมิตตีจัดการโรงพยาบาล" เพื่อสร้างโรงพยาบาลที่วังหลัง ธนบุรี หรือ ศิริราชพยาบาล เมื่อ พ.ศ. ๒๔๒๙ภายหลังก่อสร้างแล้วเสร็จก็ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯให้คณะกรรมการชุดนี้พ้นจากหน้าที่ และจัดตั้งกรมพยาบาลขึ้นแทนเมื่อวันที่ ๒๕ ธันวาคม พ.ศ. ๒๔๓๑ และโปรดเกล้าฯ ให้พระเจ้าน้องยาเธอ พระองค์เจ้าศรีเสาวภางค์ เป็นอธิบดีบังคับการกรมพยาบาล มีหน้าที่ควบคุมกิจการฝึกอบรมนักเรียนแพทย์และการบริหารของศิริราชพยาบาล และควบคุมดูแลกิจการของโรงพยาบาลอื่นที่มีอยู่แล้วในขณะนั้น ตลอดจนการปลูกฝีให้แก่ประชาชน ฉะนั้นอาจถือได้ว่าปี พ.ศ. ๒๔๓๑ เป็นการเริ่มศักราชใหม่ของการแพทย์และการสาธารณสุขแผนปัจจุบันในประเทศไทย
